Në pavionin e Ikonografisë vizitori njihet me mjeshtrat e mëdhenj të ikonografisë shqiptare duke filluar me Onufrin, të birin Nikollën, Onufër Qipriotin, Kostandin Shpatarakun, David Selenicasin, Kostandin e Athanas Zografin, Mihal Anagnostin, vëllezërit Çetiri, Kostandin Jeremonaku e shumë autorë anonimë. Veçojmë këtu Onufrin, piktorin e shquar shqiptar, ikonografi i shekullit XVI, që ka realizuar vepra të një niveli të lartë cilësor dhe që ka ndikuar fuqishëm në zhvillimet e mëvonshme të artit pasbizantin në Shqipëri. Tematika e punimeve të tij ka të njëjtat skena dhe program ikonografik me kanonin bizantin, por figurat që pikturon Onufri, sidomos ato të skenave të mëdha, janë të veçanta. Shumica e figurave të tij realizohen me tonalitete pikante njëngjyrëshe e plot dritë, si e kuqja e tij e cilësuar si "e papërsëritshme", nga kritikët më të njohur të artit botëror. Më shpesh këto figura ai i pasqyron me pelerina të gjata shumëngjyrëshe, ku forma e realizimit është e veçantë, mjetet artistike janë të zgjedhura aq sa të mahnisin me mjeshtërinë e realizimit. Onufri, ky mjeshtër i madh i ikonografisë shqiptare, duke thyer herë - herë kanonet e stilit bizantin të pikturimit, futi elementë jetësorë, lokalë në punët e tij, duke u bërë kështu dhe themelues i shkollës shqiptare të ikonografisë.
Në këtë pavion ndihet tek pasardhësit ndikimi i veprës së Onufrit.Veçojmë në këtë periudhë disa shkolla të rëndësishme të ikonografisë si në Berat, Korçë, Voskopojë, Elbasan (Shpat), Myzeqe, Gjirokastër. Krahas punimeve të këtyre ikonografëve të shquar shqiptarë, vizitori ka mundësi në këtë pavion të njihet dhe me ikonostasin e kishës së Shën Gjon Vladimirit në Elbasan, shek. XIX, vepër e mjeshtrave shqiptarë të drugdhendjes dhe fragmente të ikonostaseve të tjerë, siç janë Dyert e bukura të kishës katedrale, të Elbasanit, punimi i ikonografit Mihal Anagnosti.